Bioinformático Senior para Genómica (f/m)
1 month ago
Granada
En T-Systems, encontrarás proyectos rompedores que suman al bienestar social y ecológico. Queremos dar la bienvenida a nuevos talentos como tú, que aporten ideas frescas, puntos de vista distintos, que acepten retos y un continuo aprendizaje, para crecer e impactar a la sociedad… ¡Todo esto, de una forma divertida! No importa cuándo o dónde trabajes. Se trata de hacer un trabajo que importe para hacer avanzar a la sociedad. Por esta razón, haremos todo lo posible para asegurarnos de que tengas todas las posibilidades de desarrollo ofreciéndote una red de apoyo, excelente tecnología, un entorno de trabajo nuevo y la libertad de trabajar de forma autónoma. Te apoyamos a crecer constantemente tanto personal como profesionalmente, para que puedas dejar una huella notable en la sociedad. T-Systems somos un equipo de alrededor de 28 000 personas empleadas en todo el mundo, convirtiéndonos en uno de los principales proveedores mundiales de soluciones integradas de extremo a extremo. Desarrollamos soluciones de cloud híbrida, inteligencia artificial e impulsamos la transformación digital de las empresas, la industria, el sector público y en definitiva, de toda la sociedad. Acerca del Proyecto: Buscamos incorporar al área de Medicina de Precisión un/a Bioinformático/a Senior , con sólida experiencia en análisis de datos ómicos (especialmente genómica) y desarrollo de flujos de análisis reproducibles en Nextflow . Será responsable del diseño, desarrollo, optimización, validación y operación de pipelines bioinformáticos (WGS/WES, paneles, RNA-seq, etc.), garantizando calidad, trazabilidad, reproducibilidad, seguridad y escalabilidad . Como Bioinformático/a Senior será responsable de: Responsabilidades clave: • Diseñar e implementar pipelines de análisis NGS end-to-end (QC, alineamiento, calling, anotación, priorización, reporting) para datos como FASTQ, BAM/CRAM, VCF/gVCF , y resultados derivados., • Desarrollar y mantener flujos de trabajo en Nextflow (DSL2), aplicando buenas prácticas (modularidad, perfiles, parámetros, pruebas, reusabilidad) y alineación con estándares tipo nf-core cuando aplique., • Integrar herramientas y frameworks bioinformáticos (p. ej. BWA/DRAGEN según contexto, GATK, samtools/bcftools, VEP/ANNOVAR, FastQC/MultiQC, etc.) y asegurar su correcta parametrización y versionado., • Containerizar pipelines (Docker/Singularity/Apptainer) y asegurar reproducibilidad a través de gestión de dependencias y versionado., • Desplegar/ejecutar pipelines en entornos HPC y/o cloud y optimizar rendimiento (paralelización, uso de recursos, caching, datos intermedios, costes)., • Definir y ejecutar estrategias de validación/verificación del pipeline (controles, gold standards, métricas de sensibilidad/especificidad cuando proceda) y preparar evidencias para auditorías., • Implementar mecanismos de trazabilidad, monitorización y alertas (logs, métricas, reporting de ejecución, control de calidad automatizado)., • Colaborar con equipos de datos e infraestructura para operación en entornos Kubernetes/OpenShift/EKS y automatización mediante CI/CD., • Documentar flujos de análisis, supuestos, entradas/salidas, criterios de QC, limitaciones y versionado, facilitando transferencia de conocimiento al equipo y a usuarios clínicos/laboratorio. Requisitos imprescindibles: • Máster en Bioinformática (o equivalente) y base sólida en genómica/biología molecular aplicada a NGS., • 5+ años de experiencia en bioinformática (perfil Senior) desarrollando y operando pipelines de análisis en entornos de producción o regulados., • Experiencia demostrable en desarrollo de flujos de análisis con Nextflow (idealmente DSL2), incluyendo mantenimiento, parametrización y despliegue., • Sólidos conocimientos en Linux y scripting ( Bash ), y programación en Python (R valorable)., • Dominio de formatos y estándares de datos genómicos: FASTQ, BAM/CRAM, VCF/gVCF , BED, GTF/GFF, y métricas de QC (cobertura, duplicados, sesgos, contaminación, etc.)., • Experiencia con control de versiones (Git) y buenas prácticas de ingeniería (code review, testing, documentación)., • Experiencia con contenedores (Docker y/o Singularity/Apptainer) y ejecución en HPC (SLURM u otros) y/o cloud., • Conocimiento de prácticas de calidad, trazabilidad, seguridad y cumplimiento en entornos de salud (p. ej., GDPR ), incluyendo manejo de datos sensibles. Deseable: • Experiencia en genómica clínica (diagnóstico, interpretación de variantes, CNV/SV, farmacogenómica, cáncer somático/germinal)., • Experiencia con nf-core (uso, adaptación o contribución) y/o estandarización de pipelines., • Conocimientos de CI/CD (GitLab CI/CD, Jenkins) aplicados a pipelines bioinformáticos (tests, linting, releases, versionado semántico)., • Experiencia con workflow execution backends y optimización (AWS Batch, Kubernetes executor, Cromwell/Toil u otros, si aplica)., • Familiaridad con herramientas/estrategias de anotación e interpretación (VEP, ANNOVAR, ClinVar, gnomAD, HGMD* si procede por licencia, paneles, ACMG)., • Conocimientos de Infraestructura como Código (IaC) y despliegue (Terraform, Helm) en coordinación con equipos de plataforma. Se valorarán conocimientos en las siguientes áreas • Conocimiento del dominio de datos ómicos, incluyendo genómica, transcriptómica y pipelines multi-ómica., • Integración entre plataformas de datos genómicos y LIS/HIS y flujos de laboratorio (molecular/NGS)., • Experiencia con LIMS , trazabilidad de muestras y metadatos, y buenas prácticas de laboratorio computacional., • Modelos/estándares para investigación clínica o repositorios: i2b2, OMOP, CDISC ODM (según proyecto)., • Conocimientos de interoperabilidad y reporting en entornos clínicos (HL7/FHIR valorable si el rol lo requiere)., • Experiencia en gobernanza del dato, anonimización/pseudonimización y estrategias de acceso seguro a datos. Habilidades personales • Capacidad de trabajo en equipo y buena comunicación con perfiles mixtos (laboratorio, clínica, IT, datos)., • Capacidad de organización, priorización y autonomía en entornos con múltiples stakeholders., • Proactividad e iniciativa en la toma de decisiones técnicas (trade-offs, riesgos, calidad vs. tiempos)., • Interés por la mejora continua: estandarización, automatización, observabilidad y excelencia operativa. ¿Qué es lo que le ofrecemos? • Ambiente de trabajo internacional, positivo, dinámico y motivado., • Modelo de trabajo híbrido (teletrabajo/presencial)., • Horario flexible., • Formación continua: Preparación certificaciones, acceso a Coursera, clases semanales de inglés y alemán..., • Plan de compensación flexible: seguro médico, tickets restaurante, guardería, ayudas al transporte..., • Seguro de vida y accidentes., • Más de 26 días laborables de vacaciones al año., • Fondo social., • Servicio gratuito en especialistas (médicos, fisioterapeutas, nutricionistas, psicólogos, abogados...), • 100% del salario en caso de baja médica. ¡Y muchas más ventajas de formar parte de T-Systems! 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